葡萄酒健康、养颜的功效越来越多地得到认可，每天喝一杯葡萄酒也成为越来越多人的生活习惯。在这种情况下，自酿葡萄酒正被广泛学习和推广。前不久，在烟台举办的首届自酿酒大赛上，获奖自酿葡萄酒酒就被赞有挑战酒厂酒的实力。但是，技术、卫生、存储等等因素的制约，使得不少自酿葡萄酒都多少存在着危害健康的隐患。
选择葡萄的隐患：酿酒的葡萄需要成熟度高、无破损、发霉，葡萄新鲜度要高，很多人选择购买摊贩收摊时甩卖的零碎葡萄，这固然便宜，但可能会使酒质更容易滋生霉菌。
洗葡萄的隐患：酿葡萄最不可缺少的是酵母菌，很多人把酿酒葡萄洗得太干净，葡萄皮本身附着的野生酵母就被洗掉或杀死了，酵母不足，葡萄的糖就不会变成酒精，以致发酵不良和高糖份，喝了对人不利!
器皿的隐患：器皿、工具卫生条件控制不好，容易滋生很多细菌。用塑料瓶、铁、铝器皿装载，容易发生化学反应，产生有毒物质。
发酵的隐患：很多人因为疏忽密封了发酵器皿，发酵时产生的大量二氧化碳无法排出，常常导致炸瓶。
无添加剂的隐患：酒厂酿葡萄酒，一般会放一些二氧化硫之类的微量添加剂，以杀菌、保证陈年，而自酿葡萄酒较多的依赖纯天然，酵母发酵产生的菌种可多达几百种，难以控制，酿出来的酒可能存在对神经有毒的物质，比如甲醇等。
存储的隐患：俗语说“酒越陈越香”，酿造工艺成熟的酒在储存环境理想的状态下可以存放较长时间，但是自酿葡萄酒受制于酒体本身和存放环境的限制，大都不适合较长存放。自酿葡萄酒最好在一年内喝完，如果存放太久，则酒质很容易坏损，影响饮用者健康。